Tussen GTL en HVO diesel zitten niet veel verschillen. Eigenlijk is er maar één verschil.
Beide brandstoffen zorgen voor minder fijnstof-, stikstof- en zwaveluitstoot. Doordat HVO diesel geproduceerd wordt uit biomassa wordt er minder CO2 verbruikt in het productieproces. Dit verschil kan bij het gebruik van 100% HVO zelfs oplopen tot 89% CO2 besparing. Bij GTL, wat geproduceerd wordt van aardgas, treedt dit voordeel niet op.
De verbranding van de verschillende brandstoffen is dus identiek. Doordat Hydrotreated Vegetable Oil anders geproduceerd wordt, bespaart dit CO2 uitstoot ten opzichte van fossiele diesel.